В моделях FJR1300A и FJR1300AS произошло куда больше изменений. Мотоцикл оброс электронными помощниками (круиз- и трэкшн-контроль, 2 режима езды – спортивный и туристический), а также электронным приводом дроссельной заслонки fly-by-wire. Двигатель также был переосмыслен: переделан «впуск» под дроссель fly-by-wire, для лучшей работы модифицирован выпуск и катализатор прежней модели. Версия «S» с «полуавтоматом», благодаря новой системе fly-by-wire, плавнее переключает передачи, а подвеска этой версии имеет электронные регулировки параметров демпфирования. Всего режимов 12, каждый из которых может выбрать водитель, используя переключатель на руле.
Модель обзавелась электрически-регулируемым ветровым стеклом, LED-панелью приборов, светодиодной оптикой, центральной подставкой, новой обивкой сидения и кучей опциональных аксессуаров.
